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医院还设有上海市临床医学中心3个（微创外科、内分泌与代谢病、血液病），6个市级研究所（上海市伤骨科研究所、上海市高血压研究所、上海市内分泌与代谢病研究所，上海烧伤研究所、上海血液学研究所、上海消化外科研究所），5个院校级研究所（上海交通大学医学院神经病学研究所、上海交通大学医学院心血管病研究所、瑞金医院性疾病和呼吸性疾病研究所、上海交通大学医学院胰腺疾病研究所、上海交通大学医学院肾脏病研究所），科技部国家重点实验室1个（医学基因组学重点实验室）、教育部重点实验室1个